骨肉瘤细胞环状RNA差异表达分析

• 作者: 宋旸 张桂珍 李照彦 杜珍武 杨麒巍 王庆宇 陈高扬
• 来源期刊: 中国体视学与图像分析
• 学科: 医学
• 关键词: 环状RNA 骨肉瘤 表达谱 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2018,（3）
• 所属期刊栏目: 生物医学
• 页码范围: 254-259
• 页数: 6页
• 分类号: R68
• 语种: 中文
• DOI: 10.13505/j.1007-1482.2018.23.03.005

摘要

目的 骨肉瘤是一类发生于骨间叶组织的恶性肿瘤,恶性程度高.当前其发病的具体分子机制尚不明确且受多种因素影响.环状RNA (circRNA)已被证实在多种疾病中发挥重要的调控作用,可以通过分子海绵机制吸附miRNA进而调控关键基因表达.本研究拟通过查找骨肉瘤circRNA表达谱芯片,并分析差异表达circRNA及其潜在调控机制,预测其在骨肉瘤发生发展过程中的作用.方法 通过GEO数据库查找circRNA芯片表达谱,通过GEO2R对芯片进行差异表达分析,对筛选出的上调和下调表达最明显的circRNA各5个做内源竞争性RNA调控网络图,预测出潜在靶mRNA,并应用生物信息学分析方法分析了这些靶mRNA的功能富集情况.结果 在骨肉瘤circRNA表达谱芯片(GSE96964)结果中,有110个明显差异表达的circRNA,包括8个明显上调和102个明显下调的circRNA,通过位点预测网站,在5个上调最明显的circRNA下游预测出127个mRNA,5个下调最明显circRNA下游预测出158个mRNA.OMICSbean分析结果显示,这些基因所富集的通路与骨肉瘤的发生发展有密切关系.结论 本研究筛选出的110个明显差异表达circRNA不仅可以作为骨肉瘤诊断与治疗的分子标志物,而且在骨肉瘤的发生发展过程中有潜在的调控作用.