绿豆象触角转录组及嗅觉相关基因的分析

• 作者: 张仙红 张耀文 杨美红 郑海霞
• 来源期刊: 昆虫学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 绿豆象 触角转录组 高通量测序 基因注释 嗅觉相关基因
• 年，卷（期）: 2018,（2）
• 所属期刊栏目: 生理与生化
• 页码范围: 168-177
• 页数: 10页
• 分类号: Q966
• 语种: 中文
• DOI: 10.16380/j.kcxb.2018.02.003

摘要

[目的]建立绿豆象Callosobruchus chinensis触角转录组数据库,挖掘绿豆象的基因数据.[方法]采用高通量测序平台(Illumina Hiseq)对绿豆象成虫触角进行转录组测序、序列组装及生物信息学分析.[结果]共获得51.10 Gb的clean data(NCBI SRA数据库登录号:SRP119884)及83 535条unigenes,长度在1 kb以上的unigenes有15 075条,unigenes的N50为1 492 bp.使用BLAST软件将绿豆象触角Unigene序列与公共数据库比对,共注释到22 148条unigenes,其中NR数据库注释的unigenes最多,为18 744条,且与赤拟谷盗Tribolium castaneum的相似基因最多,达39.57％.通过GO数据库注释,将unigenes功能分为细胞组分、分子功能与生物学过程三大类54个分支,其中参与代谢进程以及结合与催化活性的unigenes比例较大.KEGG代谢途径分析表明,9 084条unigenes形成289条代谢通路,其中核糖体代谢通路所含unigene最多,为516条.进一步基因注释分析筛选到140个嗅觉相关基因,包括12个气味结合蛋白(odorant binding protein,OBP)基因,4个化学感受蛋白(chemosensory protein,CSP)基因,116个气味受体(odorant receptor,Or)基因,1个离子型受体(ionotropic receptor,IR)基因和7个感觉神经元膜蛋白(sensory neuron membraneprotein,SNMP)基因,并用FPKM值对基因表达量进行评估.[结论]本研究获得了绿豆象触角转录组数据,为进一步研究绿豆象的基因功能分析及嗅觉感受机制奠定分子基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张仙红	山西农业大学农学院	46	278	8.0	14.0
2	杨美红	山西农业大学文理学院	16	139	6.0	11.0
3	郑海霞	山西农业大学农学院	15	41	5.0	6.0
4	张耀文	山西省农业科学院作物研究所	61	309	11.0	14.0