金针菇小G蛋白Ran的序列特征与表达分析

• 作者: 严俊杰 仝宗军 刘媛媛 张磊 李冰玉 汪健芳 谢宝贵 黄蓉梅
• 来源期刊: 食用菌学报
• 关键词: 金针菇 Ran蛋白 菌柄伸长 重力刺激 荧光定量PCR
• 年，卷（期）: 2018,（1）
• 页码范围: 13-19
• 页数: 7页
• 字数: 4275字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16488/j.cnki.1005-9873.2018.01.002

摘要

基于金针菇(Flammulina velutipes)基因组和转录组数据,运用本地BLAST方法,找到一个小G蛋白Ran的编码基因,命名为FvRan 1.运用生物信息学方法进行分析,结果显示:该基因全长为 1337 bp,编码区长度为1079 bp,包含7个外显子和6个内含子,其中4个内含子(I1、I2、I3、I6)在mRNA加工过程中存在可变剪切现象.通过氨基酸序列同源比对和系统发育分析发现,FvRan1具有5个 G-Box保守结构域和2个效应器开关,与担子菌中 Moniliophthora roreri 以及Trametes versicolor 的亲缘关系最近.采用 RT-qPCR 研究FvRan1在不同生长时期及部位、伸长期菌柄的不同部位以及竖直、微重力(旋转)、水平3个不同处理条件下的表达量,结果表明,FvRan1在成熟期菌柄中的表达量最高;在金针菇伸长区段的表达量显著高于生长点和非伸长区段;在模拟微重力条件下,FvRan1呈显著上调表达.FvRan1基因在金针菇菌柄伸长与重力应答过程中可能具有正调控作用.