旋毛虫plancitoxin-1-like基因的序列分析与编码蛋白结构预测

• 作者: Boireau Pascal 刘明远 廖成水 张春杰 张梦珂 杨亚东 王安琪 王晓利 田文静 程相朝
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 旋毛虫 DNase Ⅱ 克隆 生物信息学
• 年，卷（期）: 2018,（1）
• 所属期刊栏目: 研究简报
• 页码范围: 218-222
• 页数: 5页
• 分类号: S852.731
• 字数: 3155字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2018.01.025

摘要

基因组预测旋毛虫拥有125种庞大的DNase Ⅱ家族蛋白,但只有plancitoxin-1唯一在C端含有一个保守的DNase Ⅱ活性位点(HKD基序).为研究旋毛虫plancitoxin-1基因的序列结构特征,以旋毛虫总RNA为模板进行RT-PCR,获得plancitoxin-1基因的序列,并利用生物信息学方法进行系统性分析.结果显示,扩增得到的核苷酸序列比GenBank中相关序列短210 bp,编码294个氨基酸,由20种氨基酸组成,重新命名为plancitoxin-1like,且氨基酸序列中在N端和C端都具有HKD基序.蛋白质理论相对分子质量为33.19 ku,等电点为9.17,是稳定存在的亲水性蛋白.Plancitoxin-1-like的氨基酸序列与其他物种DNase Ⅱ的相似性为35％左右.Plancitoxin-1-like含有4个N-糖基化位点、3个O-糖基化位点、31个磷酸化位点、17个B细胞线性结合位点和9个T细胞结合位点以及3个二硫键.二级结构中,α-螺旋占14.29％(42个),延伸链占28.23％(83个),无规卷曲占55.10％(162个).本研究成功克隆旋毛虫plancitoxin-1-like基因,对其序列结构进行分析,为进一步研究庞大的DNaseⅡ家族蛋白在旋毛虫发育和感染中的作用奠定基础.