基于长片段PCR扩增的牡蛎疱疹病毒基因组高通量测序

• 作者: 史杰 李晨 王崇明 白昌明 蔡生力
• 来源期刊: 水产学报
• 学科: 农学
• 关键词: 栉孔扇贝 高通量测序 长片段PCR 牡蛎疱疹病毒
• 年，卷（期）: 2018,（2）
• 页码范围: 216-225
• 页数: 10页
• 分类号: S968.3
• 字数: 6263字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11964/jfc.20161210667

摘要

为获取2001年低温冻存栉孔扇贝感染牡蛎疱疹病毒(OsHV-1)变异株(ZK2001)基因组序列,并分析ZK2001与其他OsHV-1变异株的序列差异和系统发育关系,利用基于长片段PCR的基因组DNA的扩增和富集技术,获取2001年栉孔扇贝感染OsHV-1变异株的基因组DNA;再使用Illumina Hiseq 2500 PE250高通量测序平台对其测序.最后分析ZK2001与OsHV-1其他变异株基因组的序列差异和系统发育关系.测序数据组装后获得8个Scaffold.基因组变异分析结果显示,ZK2001与参考基因组相比存在328个SNP位点,SNP和序列插入/缺失变异是导致OsHV-1基因组序列变异的主要变异类型.系统发育分析结果显示,ZK2001变异株与分离自我国的OsHV-1变异株亲缘关系最近,与分离自欧洲的OsHV-1μvar及其相关变异株的亲缘关系最远,说明中国和欧洲分布OsHV-1间存在因地理隔离导致的遗传分化.研究表明,基于长片段PCR的DNA富集技术,可以有效地扩增和富集冷冻样本中OsHV-1基因组DNA,并应用于高通量测序.OsHV-1不同变异株基因组序列数据的获取和积累,将为其基因组尺度的基因变异、株系演化和系统发育关系等研究提供重要基础.