三疣梭子蟹线粒体基因组单核苷酸多态性

• 作者: 张培 李志辉 薛蓓 赖晓芳 赵莲 阎斌伦 高焕
• 来源期刊: 水产学报
• 学科: 农学
• 关键词: 三疣梭子蟹 线粒体基因组 SNP 高分辨率熔解曲线
• 年，卷（期）: 2018,（2）
• 页码范围: 196-203
• 页数: 8页
• 分类号: Q781|S968.25
• 字数: 5214字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11964/jfc.20161210645

摘要

为获得三疣梭子蟹线粒体全基因组(mtDNA)SNP突变位点,本研究针对其mtDNA全序列设计了179对引物,采用高分辨率熔解曲线(HRM)检测技术对SNP进行了筛查.在179对引物中,有89对引物具有特异性扩增结果;进一步研究表明,89对引物中共有22对引物的扩增区域含有SNP突变位点,共包含24个SNPs.统计结果显示,三疣梭子蟹线粒体基因组中的SNP分布频率为0.15/100 bp,其中转换突变比例为79.1％、颠换突变比例为16.6％;C/T(G/A)突变比率为79.1％、G/T(C/A)突变比率为8.3％、A/T突变与G/C突变的比率均各占4.16％.本研究中所获得的SNP位点分布于三疣梭子蟹线粒体基因组的11个区域,且分布不均.其中COX1基因区域的SNP数目最多,其次在D-LOOP、ND1基因区域分别为3和4个SNP位点;而tRNA、12S rRNA等其他区域尚未发现突变位点.本研究所建立的三疣梭子蟹线粒体全基因组SNP的快速筛查方法及发现的SNPs,为进一步开展三疣梭子蟹种质遗传资源多样性、增殖放流标记等方面的研究提供了分析工具.