基于疾病信息网络的表型相似基因搜索

• 作者: 侯泳旭 卢莉 唐常杰 李岭 段磊
• 来源期刊: 软件学报
• 学科: 工学
• 关键词: 表型相似性 相似基因搜索 疾病信息网络 gSim-Miner
• 年，卷（期）: 2018,（3）
• 所属期刊栏目: 基于图结构的大数据分析与管理技术专刊
• 页码范围: 721-733
• 页数: 13页
• 分类号: TP311
• 字数: 10897字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13328/j.cnki.jos.005445

摘要

人类基因组计划的成果推动了生物信息学研究的发展.基于疾病表型相似性策略寻找功能上存在联系的致病基因,即表型相似基因,具有重要的研究价值和广阔的应用前景,是新兴的研究热点.然而,生物医学领域尚没有利用计算机方法开展基于基因-疾病-表型关系网络的表型相似基因搜索研究.对此,利用疾病公开数据库构建了包含基因、疾病、表型这3类异构类型节点的疾病信息网络,并设计了基于疾病信息网络的相似基因搜索算法gSim-Miner.针对疾病表型数据的特点,设计了剪枝策略提高算法效率.通过在真实数据上的实验,验证了疾病信息网络对搜索表型相似基因的适用性以及gSim-Miner算法的有效性、执行效率和可扩展性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	唐常杰	四川大学计算机学院	164	2750	30.0	45.0
2	卢莉	四川大学计算机学院	9	22	3.0	4.0
3	段磊	四川大学计算机学院	49	685	13.0	24.0
7	侯泳旭	四川大学计算机学院	2	25	2.0	2.0
8	李岭	四川大学生命科学学院	18	23	3.0	4.0