药用美洲大蠊全基因组测序分析

• 作者: 岳碧松 晋家正 李午佼 沈咏梅 牟必琴 耿福能 范振鑫
• 来源期刊: 四川动物
• 学科: 医学
• 关键词: 美洲大蠊 药用昆虫 全基因组测序 基因组装 基因注释
• 年，卷（期）: 2018,（2）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 121-126
• 页数: 6页
• 分类号: Q959.229.9|R857.3
• 字数: 2778字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11984/j.issn.1000-7083.20170377

摘要

以美洲大蠊Periplaneta americana为原料生产的康复新液等药品临床疗效显著,得到了广泛应用.本文以四川好医生攀西药业有限责任公司饲养的药用美洲大蠊为材料,首次采用Illumina HiSeq 2000和PacBio SMRT测序平台开展了全基因组测序,并进行基因组组装、注释和分析.原始测序数据经过滤后得到1.4Tb的二代测序数据和33.81 Gb的三代测序数据.组装结果表明,美洲大蠊基因组大小为3.26 Gb,这在已报道的昆虫基因组中仅次于东亚飞蝗Locusta migratoria.基因组重复序列含量为62.38％,杂合度为0.635％,表明其为复杂基因组.组装的Contig N50和scaffold N50长度分别为28.2 kb、315 kb,单拷贝基因完整性为88.1％,小片段文库测序数据平均比对率为99.8％,测序和组装质量满足后续分析要求.采用De novo预测、同源预测和基于转录本预测3种方法共注释到14 568个基因,其中92.4％的基因获得了功能注释.本研究首次完成了美洲大蠊的全基因组测序,也是大蠊属Periplaneta昆虫的第一个基因组,为美洲大蠊遗传进化分析和药用基因资源挖掘打下了重要基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	岳碧松	生物资源与生态环境教育部重点实验室四川大学生命科学学院	12	63	5.0	7.0
2	晋家正	生物资源与生态环境教育部重点实验室四川大学生命科学学院	1	7	1.0	1.0