机器学习方法在CRISPR/Cas9系统中的应用

• 作者: 张桂珊 张灵敏 戴宪华 杨勇
• 来源期刊: 遗传
• 关键词: CRISPR/Cas9 机器学习 sgRNA 脱靶效应 基因敲除
• 年，卷（期）: 2018,（9）
• 所属期刊栏目: 综述
• 页码范围: 704-723
• 页数: 20页
• 字数: 14847字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16288/j.yczz.18-135

摘要

基于CRISPR/Cas9系统介导的第三代基因组定点编辑技术,已被广泛应用于基因编辑和基因表达调控等研究领域.如何提高该技术对基因组编辑的效率与特异性、最大限度降低脱靶风险一直是该领域的难点.近年来,机器学习为解决CRISPR/Cas9系统所面临的问题提供了新思路,基于机器学习的CRISPR/Cas9系统已逐渐成为研究热点.本文阐述了CRISPR/Cas9的作用机理,总结了现阶段该技术面临的基因组编辑效率低、存在潜在的脱靶效应、前间区序列邻近基序(PAM)限制识别序列等问题,最后对机器学习应用于优化设计高效向导RNA(sgRNA)序列、预测sgRNA的活性、脱靶效应评估、基因敲除、高通量功能基因筛选等领域的研究现状与发展前景进行了展望,以期为基因组编辑领域的研究提供参考.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	戴宪华	中山大学电子与信息工程学院	23	120	5.0	10.0
2	杨勇	中山大学电子与信息工程学院	17	156	5.0	12.0
3	张桂珊	中山大学电子与信息工程学院	1	4	1.0	1.0
4	张灵敏	中山大学电子与信息工程学院	1	4	1.0	1.0