大豆miR164家族的生物信息学分析

• 作者: 于月华 何茹月 倪志勇 滕露 陈全家
• 来源期刊: 大豆科学
• 关键词: 大豆 miR164家族 生物信息学 启动子分析
• 年，卷（期）: 2018,（5）
• 所属期刊栏目: 遗传育种·分子生物学
• 页码范围: 704-709
• 页数: 6页
• 语种: 中文
• DOI: 10.11861/j.issn.1000-9841.2018.05.0704

摘要

microRNA164是一个高度保守的miRNA家族,广泛参与植物的细胞和生理过程.本论文旨在采用生物信息学方法,了解大豆miR164基因家族在大豆生长发育及逆境胁迫应答过程中扮演的重要角色,为其在大豆的分子育种和品种改良方面的研究提供理论基础.利用miRNA、Plant MicroRNA Database、PLACE和NCBI数据库以及ClustalX2.0、MEGA 5.0和DNAMAN软件对gma-miR164基因家族的序列情况、染色体定位、靶基因调控功能、启动子元件、二级结构和系统发育树进行生物信息学分析.在miRBase中搜索到11条gma-miR164基因同源序列,分别分布在7条染色体上,其中以位于Chr3上的序列最多,共有3条,位于Chr10和Chr19上各有2条,而在Chr02、Chr09、Chr18和Chr20上各有1条.11个gma-miR164基因家族成员共预测到6个靶基因,均为NAC转录因子.gma-miR164基因家族成熟序列的碱基保守性很高,其前体序列均可形成稳定的二级茎环结构.启动子中顺式调控元件分析表明,ABRE、DRE、MYB和MYC这4个元件在gma-miR164基因家族启动子序列中分布不均,其中以MYB和MYC元件数目居多.本研究为探寻miR164基因家族在逆境胁迫应答中的调控作用提供了数据基础和理论依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈全家	新疆农业大学农学院	112	621	11.0	21.0
2	倪志勇	新疆农业大学农学院	59	287	9.0	14.0
3	于月华	新疆农业大学农学院	41	88	6.0	8.0
4	滕露	新疆农业大学农学院	3	2	1.0	1.0
5	何茹月	新疆农业大学农学院	1	0	0.0	0.0