基于GWAS的6个免疫相关基因在大蒲莲猪和长白猪群体内的表达分析

• 作者: 呼红梅 王彦平 王继英 赵雪艳 郭建凤
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 大蒲莲猪 免疫相关基因 CD4 CD27 TNFRSF1A CD9
• 年，卷（期）: 2018,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 263-271
• 页数: 9页
• 分类号: S828.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2018.02.009

摘要

免疫相关基因的筛选与研究是猪(Sus scrofa)抗病育种的前提与基础.本研究基于课题组前期对仔猪的T淋巴细胞亚群指标进行的全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),对5号染色体上一个1.05 Mb免疫调控区域内包含的6个免疫相关基因:白细胞分化抗原4(cluster of differentiation 4,CD4)、淋巴细胞活化基因-3(lymphocyte activation gene-3,LAG3)、白细胞分化抗原27(cluster of differentiation 27,CD27)、淋巴毒素β-受体(lymphotoxin beta receptor,LTBR)瘤坏死因子受体超家族成员1A(tumor necrosis factor receptor superfamily member 1a,TNFRSF1A)和白细胞分化抗原9(cluster of differentiation 9,CD9)在大蒲莲和长白仔猪群体外周血液中的表达量进行检测,并对各基因开展品种和母猪效应分析,为进一步筛选影响大蒲莲仔猪高抗病力的候选基因提供借鉴.采集大蒲莲猪(104头)和长白猪(171头)35日龄仔猪的外周血,提取总RNA,逆转录为cDNA后,通过qRT-PCR的方法进行上述免疫相关基因和内参基因β2-微球蛋白(beta-2-microglobulin,B2M)的表达水平检测,在对各免疫基因表达量通过内参基因校正后,对矫正后的表达量ΔCt在大蒲莲猪和长白猪群体内的表达特征、品种和母猪效应进行分析.结果显示,大蒲莲仔猪CD4和CD27基因表达量极显著低于长白仔猪(P＜0.01),且母猪效应差异也达到极显著水平(P＜0.01);大蒲莲仔猪TNFRSF1A基因表达量显著低于长白仔猪(P＜0.05);大蒲莲仔猪CD9基因表达量极显著高于长白仔猪(P＜0.01).本研究对基于GWAS的6个免疫相关基因在大蒲莲猪和长白猪群体内的表达开展分析,其中CD4、CD27、TNFRSF1A和CD94个基因在大蒲莲和长白仔猪群体间显著差异表达,这些基因可以考虑作为影响大蒲莲仔猪高抗病力的候选基因,为大蒲莲仔猪高抗病力性状的标记辅助选择研究提供基础.