基于蛋白质互作网络挖掘结直肠癌致病基因

• 作者: 吴慧慧 唐旭清
• 来源期刊: 数据采集与处理
• 学科: 工学
• 关键词: 结直肠癌 蛋白互作网络 聚类分析 网络拓扑分析 功能富集分析
• 年，卷（期）: 2018,（4）
• 页码范围: 654-661
• 页数: 8页
• 分类号: TP391|O29
• 字数: 5161字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16337/j.1004-9037.2018.04.010

摘要

结直肠癌是消化系统常见的恶性肿瘤之一,死亡率居发达国家恶性肿瘤死亡率的第3位.本文通过生物分析进行结直肠癌致病基因的识别.首先,基于GEO中GSE9348基因表达数据集,利用R语言的LIMMA包筛选出 P ＜ 0 .05 ,Fold change ＞ 2的结直肠癌差异基因339个;其次,基于OMIM数据库中已知结直肠癌的致病基因和STRING数据库,获得差异表达基因与致病基因的蛋白质互作网络;接着利用Cytoscape软件的ClusterONE插件进行蛋白质互作网络模块分析,获得一个含有53个基因的子网络;最后,通过对子网络的拓扑分析,获得了FOS 、CCND1 、CEBPB 、EGR1和NOS3等5个新结直肠癌致病基因.同时,通过功能富集分析和文献挖掘对新发现的致病基因进行验证.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	唐旭清	江南大学理学院	40	707	9.0	26.0
5	吴慧慧	江南大学理学院	2	14	1.0	2.0