基于转录组的白沙蒿SSR分子标记的开发

• 作者: 员艳丽 王铁娟 阿娜尔
• 来源期刊: 生物技术
• 学科: 生物学
• 关键词: 白沙蒿 SSR 转录组 引物
• 年，卷（期）: 2018,（4）
• 所属期刊栏目: 技术与方法
• 页码范围: 355-360,381
• 页数: 7页
• 分类号: Q145+.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.16519/j.cnki.1004-311x.2018.04.0062

摘要

[目的]利用转录组数据开发白沙蒿的SSR分子标记,探索其分布特点并对SSR引物进行有效性检测.[方法]以9个不同样品白沙蒿转录组数据为基础,利用MISA软件对1kb以上的Unigenes进行筛选;把重复序列单元相同、重复次数存在差异、侧翼序列长度完全相同的SSR位点作为引物合成的标准,采用PCR技术和聚丙烯酰胺凝胶电泳技术对其有效性进行初步验证.[结果]在20 149条Unigenes中共检测出5 692个SSR位点,发生频率为22.95％,平均每隔6.66 kb出现1个位点.优势重复单元单、三、二核苷酸分别占总SSR位点的52.09％、28.30％和17.38％.经过验证筛选出具有多态性且扩增条带清晰的引物18对.[结论]印证了利用白沙蒿转录组测序产生的Unigene信息可作为开发SSR标记的有效来源,且开发的有效SSR引物可用于后续群体的相关研究中.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	阿娜尔		8	4	1.0	1.0
2	王铁娟		44	413	11.0	19.0
3	员艳丽		4	1	1.0	1.0