基于RNA-Seq筛选新型鸭细小病毒感染鸭胚 成纤维细胞的差异表达基因

• 作者: 孙继国 崔元 李晓轩 袁万哲
• 来源期刊: 现代畜牧兽医
• 学科: 农学
• 关键词: 鸭细小病毒 鸭胚成纤维细胞 转录组测序 差异表达基因
• 年，卷（期）: 2018,（5）
• 所属期刊栏目: 试验研究
• 页码范围: 1-6
• 页数: 6页
• 分类号: S852.61
• 字数: 4587字
• 语种: 中文

摘要

为筛选鸭细小病毒(DPV)感染鸭胚成纤维(DEF)细胞后的差异表达基因,本研究利用DPV接种DEF细胞作为试验组,对照组加入相同体积的2％DMEM,培养至72 h后提取2组样品的总RNA,利用RNA-Seq技术筛选出DEF细胞感染DPV后的差异表达基因,并对其进行生物信息学GO功能分类和KEGG分析.结果显示,差异表达水平变化倍数(fold change,FC)在2倍以上的基因共有4073个,其中上调表达基因1904个,下调表达2169个.GO功能分析显示,这些基因主要涉及到炎症反应、免疫反应、蛋白结合、转运活动等功能.KEGG信号通路分析表明,这些差异表达基因参与细胞因子受体相互作用、新陈代谢、TNF、NF-κB、Jak-STAT、Toll样受体等信号通路.应用荧光定量PCR(Real-time FQ-PCR)验证部分差异表达基因的检测结果显示,差异基因的相对表达量与RNA-Seq技术测序结果基本一致,表明了RNA-Seq检测结果的可靠性.本研究为进一步研究DPV的致病作用及宿主抗病机制奠定了基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	孙继国	河北农业大学动物医学院	125	624	11.0	17.0
3	袁万哲	河北农业大学动物医学院	76	296	8.0	14.0
9	崔元	河北农业大学动物医学院	11	20	3.0	4.0
10	李晓轩	河北农业大学动物医学院	1	1	1.0	1.0