转录组测序研究三角帆蚌珍珠颜色相关基因

• 作者: 刘志芳 孔绅绅 张启鹏 梅祎芸 毛媛媛 郑荣泉
• 来源期刊: 水产学报
• 学科: 农学
• 关键词: 三角帆蚌 珍珠颜色 差异表达 转录组测序
• 年，卷（期）: 2018,（3）
• 页码范围: 322-333
• 页数: 12页
• 分类号: Q785|S917.4
• 字数: 7047字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11964/jfc.20161110620

摘要

为筛选影响三角帆蚌珍珠颜色的候选基因,采用转录组测序平台Illumina HiSeqTM 2500对蚌壳珍珠层颜色为紫色和白色的三角帆蚌中央膜组织进行高通量测序.所得序列经质控、组装后比对到NR、Swiss-Prot、COG、KOG、KEGG、GO和Pfam数据库中注释,并进行差异基因聚类分析.结果显示,获得干净数据共72800581 bp,拼接获得了89529个Unigene,差异表达基因2644个,其中上调表达基因1323个,下调表达基因1321个.根据GO功能分类可分为分子功能、细胞组分、生物过程等3大类50分支;根据KEGG代谢通路分析可以分为187类.对差异表达基因分析发现,部分基因与色素合成(眼黄素、黑色素、喋啶色素)及金属离子转运相关,还有6个细胞色素P450,3个细胞色素b561和1个细胞色素b560.研究表明,这些基因可能在珍珠颜色形成中发挥作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	郑荣泉	浙江师范大学化学与生命科学学院	67	764	16.0	24.0
7	孔绅绅	浙江师范大学化学与生命科学学院	2	5	1.0	2.0
8	张启鹏	浙江师范大学化学与生命科学学院	2	5	1.0	2.0
9	毛媛媛	浙江师范大学化学与生命科学学院	1	5	1.0	1.0
13	梅祎芸	浙江师范大学化学与生命科学学院	2	17	2.0	2.0