基于线粒体COI基因的部分鲇形目鱼类系统发育研究

• 作者: 公月月 刘毅辉 叶朝阳 朱新平 李伟 赵建 陈海港
• 来源期刊: 中国水产科学
• 学科: 农学
• 关键词: 鲇形目 线粒体COI基因 系统发育
• 年，卷（期）: 2018,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 762-771
• 页数: 10页
• 分类号: S917
• 字数: 4885字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1118.2018.17464

摘要

本文选择COI基因片段作为分子标记,对部分鲇形目鱼类(Siluriformes)进行系统发育研究.应用通用引物PCR扩增得到13种鲇形目鱼类的134条COI基因,并与GenBank中获得15种鲇形目鱼类的51条COI基因进行比对分析.结果显示:鲇形目鱼类COI基因存在碱基插入缺失现象较少,为越南隐鳍鲇(Pterocryptis cochin-chinensis)、丝尾鳠(Hemibagrus wyckioides)和黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)3种共计5个位点;平均碱基含量A+T(55.5％)显著高于G+C(44.5％).利用Kimura's 2-parameter计算28个物种的种间平均遗传距离为0.195,23个物种的种内平均遗传距离为0.006.系统发育树的分析结果表明,Neighbour-Joining(NJ)树较Maximum Likelihood(ML)树更为适合鲇形目鱼类的遗传发育分析;COI基因在科及其以下水平的系统进化关系与传统分类方法所认同的结果一致性较高,达到82.9％以上;在目水平的一致性的可信度较低,仅为71％;半鲿属聚为单系类群,黄颡鱼属、属和拟鲿属三者聚为一支,黄颡鱼属与拟鲿属的亲缘关系较近.