基于干旱胁迫下杉木转录组序列的EST-SSR分子标记开发

• 作者: 吴夏雷 孙宇涵 李云 胡德活 胡瑞阳 董黎 郑会全
• 来源期刊: 东北林业大学学报
• 关键词: 杉木转录组 EST-SSR标记 毛细管电泳 多态性
• 年，卷（期）: 2018,（2）
• 页码范围: 1-5
• 页数: 5页
• 分类号: S791.27
• 语种: 中文

摘要

利用干旱胁迫下杉木转录组数据进行杉木 EST-SSR分子标记的开发.对干旱胁迫下的杉木组培材料在Solexa mRNA-Seq平台的二代高通量测序技术下进行了转录组测定,序列拼接后共得到75357个片段,总长度65.29 Mb,共含有EST-SSR位点2383个,其中三核苷酸重复类型数量最多,占总数的41.21 %.随机挑选120个EST-SSR,用Primer Premier 5软件设计引物,再以遗传距离较远的8份杉木DNA样品为模板,通过8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,从120对引物中初选出电泳条带较好的24对引物,用24份杉木DNA样品进行毛细管电泳检测.结果表明:在初选出的24对EST-SSR引物中有23对引物检测出特异性峰;在24份杉木样品中共检测到等位基因94个,平均每个位点4.0870个,等位基因变异数范围2~9个;有效等位基因数范围1.0868~6.9143个,平均有效等位基因2.0890个;观测杂合度范围0.2500~1.0000;期望杂合度范围0.0824~0.8961;多态性信息指数范围0.1732~2.0353.开发得到的一组杉木EST-SSR分子标记为研究杉木的遗传多样性、种群结构、DNA指纹数据库构建和遗传信息的保存提供了基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	胡德活		82	688	14.0	22.0
2	李云		91	1663	24.0	37.0
3	郑会全		33	203	8.0	13.0
4	孙宇涵		13	94	5.0	9.0
5	吴夏雷		1	6	1.0	1.0
6	董黎		1	6	1.0	1.0
7	胡瑞阳	中国林业科学研究院华北林业实验中心	1	6	1.0	1.0