海洋沉积物氨氧化菌群落结构的测序分析

• 作者: 于志刚 李迎 王勋功 甄毓 米铁柱 贺惠 陈阳阳
• 来源期刊: 海洋科学
• 学科: 生物学
• 关键词: 氨氧化细菌 454高通量测序技术 illumina测序技术 克隆文库 沉积物
• 年，卷（期）: 2018,（8）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 22-29
• 页数: 8页
• 分类号: Q938.1
• 字数: 5355字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11759/hykx20171215002

摘要

本文以氨氧化细菌(ammonia-oxidizing bacteria,AOB)特征基因氨单加氧酶(ammonia monooxy-genase,AMO)α亚基基因(amoA)为目标基因(～491 bp),分别采用克隆文库、454高通量测序和illumina测序技术对其群落结构进行了比较研究.结果表明,454高通量测序和illumina测序技术得到的菌群多样性及丰富度均高于克隆文库技术.在菌群组成方面,虽然3种测序技术检测到的优势类群均为亚硝化螺菌,但在菌群丰度方面存在差异.3种测序技术中,克隆文库技术在很大程度上可能高估物种丰度,且对部分低丰度类群的检测能力有限;illumina单端测序由于其测序片段较短,可能存在物种注释错误、不能准确区分各物种间序列差异等问题;比较而言,454高通量测序技术能较为全面和准确地反映海洋沉积物中AOB的菌群结构特征.