慢性肾脏病中Cyr61加权基因共表达网络分析

• 作者: 刘晓宇 刘航 徐岩 李宸羽
• 来源期刊: 精准医学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 肾疾病 半胱氨酸 基因表达 计算生物学 芯片分析技术 枢纽基因
• 年，卷（期）: 2018,（1）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 28-33
• 页数: 6页
• 分类号: R692
• 字数: 3671字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13362/j.jpmed.201801011

摘要

目的 使用加权基因共表达分析(WGCNA)构建慢性肾脏病(Chroic Kidney Disease,CKD)基因共表达网络,研究富含半胱氨酸蛋白61(Cyr61)基因在CKD肾小球及肾间质中表达情况,并探讨Cyr61基因是否为CKD枢纽基因.方法 在公共基因芯片数据库NCBI GEO中搜集CKD相关样本,获得2个基因芯片平台共373个样本,其中包含正常对照和7种CKD,并按照样本的来源分为肾小球组及肾间质组.使用WGCNA包对表达差异基因进行基因共表达分析,识别与CKD发生相关性最高的枢纽基因,并获得Cyr61与其他枢纽基因的相关程度.结果 与正常肾组织相比,Cyr61基因在高血压肾病、微小病变性肾病、膜性肾病、狼疮性肾炎、局灶阶段性肾小球硬化肾小球及肾间质中表达均降低,差异具有统计学意义;而在IgA肾病中只有肾间质中表达降低,差异具有统计学意义.基因共表达分析结果显示,Cyr61基因为CKD发生的枢纽基因.相关分析结果显示,Cyr61基因与MAFF、JUN、KLF6基因间拓扑重叠系数＞0.10,与ATF3、JUNB基因间拓扑重叠系数＞0.09,与EGR1、MYC、GDF 15、HBEGF、GEM、CCL2、RHOB、TRIB1基因间拓扑重叠系数＞0.06.结论 Cyr61基因在CKD中表达普遍下降;基因共表达分析结果显示,Cyr61基因为CKD发生的枢纽基因,并且MAFF、JUN、KLF6、ATF3、JUNB与Cyr61基因高度相关.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	徐岩	青岛大学附属医院肾内科	121	534	11.0	18.0
2	刘晓宇	青岛大学附属医院肾内科	8	17	3.0	4.0
3	刘航	青岛大学附属医院肾内科	5	3	1.0	1.0
4	李宸羽	青岛大学附属医院肾内科	4	4	1.0	2.0