结直肠癌相关差异表达基因的生物信息学分析

• 作者: 张静 王婷 董蕾 许冰 郑莹
• 来源期刊: 胃肠病学
• 关键词: 结直肠肿瘤 生物信息学 微阵列分析 差异表达基因
• 年，卷（期）: 2018,（11）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 652-657
• 页数: 6页
• 字数: 3206字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1008-7125.2018.11.003

摘要

背景:结直肠癌(CRC)是消化系统常见肿瘤,发病率和死亡率较高.目的:应用生物信息学方法对CRC差异表达基因进行分析,筛选与CRC发生、发展相关的基因.方法:从公共基因表达数据库(GEO)下载CRC基因芯片GSE32323、GSE21510、GSE9348数据集,使用R语言筛选差异表达基因.在DAVID数据库中对差异表达基因行GO和KEGG分析.应用STRING、Cytoscape构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选出CRC的核心基因.结果:在三个数据集中共筛选出834个CRC共同差异表达基因,包括376个上调基因和456个下调基因.GO分析表明差异表达基因主要参与细胞分裂、增殖、代谢等过程.KEGG分析显示差异表达基因主要富集于p53通路和细胞外基质蛋白通路.PPI网络共筛选出20个核心基因.结论:运用生物信息学方法对CRC基因芯片进行分析可为CRC发病机制、肿瘤标记物的筛选和治疗药物靶点的选择提供理论基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	董蕾	西安交通大学第二附属医院消化内科陕西省胃肠动力疾病研究重点实验室	237	1622	20.0	28.0
2	张静	西安交通大学第二附属医院消化内科陕西省胃肠动力疾病研究重点实验室	98	564	12.0	19.0
3	王婷	西安交通大学第二附属医院消化内科陕西省胃肠动力疾病研究重点实验室	84	517	13.0	20.0
4	许冰	西安交通大学第二附属医院消化内科陕西省胃肠动力疾病研究重点实验室	1	1	1.0	1.0
5	郑莹	西安交通大学第二附属医院消化内科陕西省胃肠动力疾病研究重点实验室	1	1	1.0	1.0