海洋蛭弧菌DA5全基因组测序及序列分析

• 作者: 李志桦 温崇庆 薛明 陆友云
• 来源期刊: 热带海洋学报
• 关键词: 海洋蛭弧菌 嗜盐噬菌弧菌 全基因组测序 基因功能 比较基因组分析
• 年，卷（期）: 2018,（6）
• 所属期刊栏目: 海洋生物学
• 页码范围: 112-119
• 页数: 8页
• 分类号: Q933
• 语种: 中文
• DOI: 10.11978/2018016

摘要

为深入挖掘和利用海洋蛭弧菌及其基因资源,本研究利用Illumina HiSeq测序平台对一株属于嗜盐噬菌弧菌(Halobacteriovorax)的海洋蛭弧菌DA5进行了全基因组测序,对基因组进行组装、基因预测和功能注释,并与其他8株蛭弧菌进行了比较基因组分析.结果显示:DA5基因组大小为3.27Mb,GC含量为36.5％,预测编码基因3175个.在DA5基因组中注释到303个基因具有直系同源蛋白簇分类,与代谢通路相关基因1239个.比较基因组分析表明:DA5符合海洋蛭弧菌基因组的基本特征,与其他8株蛭弧菌共有467个同源基因家族,而DA5特有基因为266个.DA5中与细胞运动相关基因62个,其中编码甲基受体趋化蛋白、鞭毛蛋白、鞭毛马达及其开关蛋白基因均与嗜盐噬菌弧菌BAL6_X的对应基因亲缘关系最近.对DA5全基因组序列的注释和功能分析,为深入研究其捕食特性和作用机制,并更有效地利用其防控海水养殖细菌病害提供了基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	薛明	广东海洋大学水产学院	23	170	9.0	12.0
2	温崇庆	广东海洋大学水产学院	24	179	10.0	13.0
3	陆友云	广东海洋大学水产学院	1	0	0.0	0.0
4	李志桦	广东海洋大学水产学院	1	0	0.0	0.0