山地虎耳草转录组SSR信息分析

• 作者: 更吉卓玛 李彦 王智华 贾留坤 陈世龙 高庆波
• 来源期刊: 植物研究
• 学科: 生物学
• 关键词: 山地虎耳草 转录组 SSR信息分析
• 年，卷（期）: 2018,（6）
• 页码范围: 939-947
• 页数: 9页
• 分类号: Q949.751.2
• 字数: 6431字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7525/j.issn.1673-5102.2018.06.018

摘要

利用MISA (MicroSatellite)软件对山地虎耳草转录组拼接序列进行微卫星位点信息分析,为后期SSR标记的开发和物种遗传多样性检测提供候选序列.结果发现,在拼接得到的63 763条Unigene序列中含有4 622个SSR,发生频率为7.25％,有110种重复基元,平均每10.00 kB出现一个SSR位点.山地虎耳草转录组序列的SSR主要集中在三核苷酸重复(55.50％),其次为二核苷酸重复(30.23％).二核苷酸重复和三核苷酸重复中的优势重复基元分别为AG/TC和AAG/TTC.二核苷酸重复基元的重复次数类型最多,跨度最大,具有更高的多态性,三核苷酸次之,而四、五、六核苷酸重复类型很少.山地虎耳草转录组SSR以5～9次重复为主,且SSR数量随着重复次数的增加逐渐减少,基序长度主要集中于12～30 bp,多态性均在中等以上.