肾透明细胞癌中长链非编码RNA SNHG12的生物信息学分析

• 作者: 周亚男 张晓彤 曹源 朱玉翠 胡成进
• 来源期刊: 生物技术通讯
• 学科: 生物学
• 关键词: 肾透明细胞癌 长链非编码RNA SNHG12 靶基因 生物信息学
• 年，卷（期）: 2018,（6）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 728-735
• 页数: 8页
• 分类号: Q811.4
• 字数: 3374字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1009-0002.2018.06.002

摘要

目的:探讨长链非编码RNA(lncRNA)SNHG12在肾透明细胞癌(ccRCC)中的意义,并对SNHG12进行靶基因预测,为SNHG12在ccRCC中的进一步研究提供借鉴.方法:利用UALCAN数据库分析ccRCC中SNHG12的差异表达,并对SNHG12进行生存分析;利用RegRNA 2.0、HMDD、targetscan、starBase v3.0、microT-CDS平台预测SNHG12的靶基因,构建SNHG12-microRNAs-mRNAs调控网络;运用FunRich平台对预测的靶基因进行Gene Ontology(GO)分析和KEGG信号转导通路富集分析.结果:SNHG12在ccRCC中的表达明显增高,SNHG12高表达患者的总生存期较低表达患者明显缩短.SNHG12上存在3个与ccRCC相关的microRNAs(hsa-miR-138-5p、hsa-miR-454-3p、hsa-miR-497-5p)的可能结合位点,从而调节下游的288个靶基因,构成SNHG12-microRNAs-mRNAs调控网络.在生物学过程中,microRNA靶基因高度富集到碱基、核苷、核苷酸和核酸代谢调节等过程.KEGG通路分析中,microRNA靶基因高度富集到内皮素、IFN-γ等介导的信号通路.结论:SNHG12在ccRCC中表达增高,有望成为ccRCC新的潜在生物学标志物.利用生物信息学方法进行靶基因预测,可为后续SNHG12在ccRCC中的机制研究提供方向.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	胡成进	济南军区总医院实验诊断科	192	858	15.0	20.0
2	曹源	济南军区总医院实验诊断科	17	29	3.0	4.0
3	张晓彤	潍坊医学院医学检验学系	2	1	1.0	1.0
4	周亚男	潍坊医学院医学检验学系	2	1	1.0	1.0
5	朱玉翠	济南市第三人民医院检验科	1	0	0.0	0.0