玻璃缺鳍鲶线粒体全基因组序列测定与分析

• 作者: 何立川 佟广香 匡友谊 吕伟华 吴学农 孙志鹏 孙效文 曹顶臣 程磊 郑先虎
• 来源期刊: 水产学杂志
• 学科: 农学
• 关键词: 玻璃缺鳍鲶 线粒体全基因组 序列分析
• 年，卷（期）: 2018,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 12-19
• 页数: 8页
• 分类号: S917
• 字数: 4463字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1005-3832.2018.02.003

摘要

本文采用参照近缘物种线粒体基因组设计覆盖全基因组引物的方法构建并获得玻璃缺鳍鲶Kryptopterus vitreolus线粒体基因组全序列,分析其全序列特征和结构,为鲇形目鱼类的系统进化研究提供基础数据.结果表明,玻璃缺鳍鲶线粒体基因组全长16 662bp,碱基组成具有高AT含量的偏向性,结构组成和排列顺序和其他硬骨鱼基本一致,包括13个蛋白质编码基因、22个tRNA、2个rRNA和1个D-loop区.全基因组中除COX1以GTG为起始密码子外,其余12个编码蛋白的基因都以ATG开头.7个编码蛋白基因(ND1 、Cox1、ATP8、ATP6、ND4L、ND5和ND6)以TAA终止,其余6个编码蛋白的基因没有完整的终止密码子.对玻璃缺鳍鲶线粒体基因组D-loop区的终止序列区、中央保守区和保守序列区的结构分析,识别5个保守序列(CSB-1、CSB-2、CSB-3、CSB-D和CSB-E)和一个潜在的终止序列E-TAS.利用玻璃缺鳍鲶分别与其他4种鱼的线粒体基因组全序列及13个编码蛋白基因的核苷酸序列进行比对分析.结果表明,玻璃缺鳍鲶与南方鲇Silurus meridionalis 同源性最高,5种鱼线粒体基因组中COX1基因相对最保守,相似度为78.98％～92.78％.基于5个科12种鱼与2个外群物种的线粒体控制区(D-loop区)的核酸序列构建的系统进化树表明:玻璃缺鳍鲶独自一支且与鲇Silurus asotus和南方鲇亲缘关系最近.