人心果转录组De novo组装及奇可胶途径相关基因的分析

• 作者: 乌云塔娜 刘慧敏 庆军 杜红岩 胡晶晶
• 来源期刊: 园艺学报
• 学科: 农学
• 关键词: 人心果 转录组 奇可胶
• 年，卷（期）: 2018,（7）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 1382-1392
• 页数: 11页
• 分类号: S667.9
• 语种: 中文
• DOI: 10.16420/j.issn.0513-353x.2017-0661

摘要

为了探索人心果(Manilkara zapota L.)的转录组及奇可胶合成相关的基因,使用Illumina测序平台,对人心果果实、树皮和叶片分别进行转录组测序,使用Trinity等软件进行De novo组装和注释以及计算表达量,采用实时荧光定量PCR对转录组数据进行验证.经过组装得到162455条unigene,总长度达139 792 553 nt,平均长度达861 nt,N50达1 544 nt.通过与NR、NT、Swiss-Prot、KEGG、COG和GO等数据库比对,共计89 628条unigene得到注释.以组装出来的unigene作为参考序列,在人心果转录组中共鉴别出57 362个SSR位点,果实、叶片和树皮表达的基因中分别检测到99 925、65 989和129109个SNP位点.在人心果转录组中共鉴别出105个与奇可胶合成相关的unigene,参与甲羟戊酸(MVA)途径的基因在果实和树皮中表达量较高,磷酸盐(MEP)途径中的基因则在叶片中的表达量较高,实时荧光定量PCR结果与转录组计算得到的表达量一致.初步推测MVA途径可能是奇可胶合成的主要途径.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杜红岩	中国林业科学研究院经济林研究开发中心	133	1941	22.0	36.0
2	乌云塔娜	中国林业科学研究院经济林研究开发中心	64	476	10.0	18.0
3	刘慧敏	中国林业科学研究院经济林研究开发中心	11	48	4.0	6.0
4	庆军	中国林业科学研究院经济林研究开发中心	7	6	2.0	2.0