吉富尼罗罗非鱼Ikaros基因5'调控区的克隆、序列分析及抗无乳链球菌相关SNP位点筛选

• 作者: 刘志刚 卢迈新 张德锋 曹建萌 李庆勇 胡欣欣 陈昆平 高风英
• 来源期刊: 中国水产科学
• 学科: 农学
• 关键词: 尼罗罗非鱼 Ikaros基因5'调控区 单核苷酸多态性 无乳链球菌
• 年，卷（期）: 2018,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 237-250
• 页数: 14页
• 分类号: S917
• 字数: 7501字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1118.2018.17248

摘要

为获得尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)抗链球菌病相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)标记,本研究通过染色体步移法克隆了尼罗罗非鱼Ikaros基因5'调控区序列,长度为4178 bp,并使用生物信息学软件对 Ikaros基因的启动子和转录调控元件进行预测和分析.利用PCR产物直接测序法从亲本(P0)尼罗罗非鱼Ikaros基因5'调控区中筛查到5个SNPs,分别为SNP1(g.562, G>A)、SNP2(g.217, G>T)、SNP3(g.–53, C>T)、SNP4(g.–220, T>C)和SNP5(g.–579, T>C).利用Snapshot技术对子一代(F1)尼罗罗非鱼易感群体和抗病群体进行相应 SNPs 的基因分型, 分析两个群体遗传多样性参数, 结果显示多态信息含量(polymorphism information content, PIC)值在0.0872~0.3747之间,表明Ikaros基因5'调控区中所有SNPs的多态性均较低.Ikaros基因5'调控区SNPs与抗链球菌病性状关联分析结果表明, SNP2、SNP3、SNP4和SNP5的基因型频率和等位基因频率在易感群体和抗病群体中存在显著差异(P<0.05).连锁不平衡分析结果显示Ikaros基因5'调控区SNPs可形成1个单倍块和5种单倍型, 其中GGCTT单倍型与抗病性显著相关(P<0.05), GGTCT和GTCCC单倍型与易感性显著相关(P<0.05).此外, 还发现SNP2和SNP5处于完全连锁状态(r2=1, LOD=57.25, D'=1), 可作为罗非鱼抗链球菌病遗传育种的标签SNP.综上所述,在Ikaros基因5'调控区筛选到4个抗链球菌病相关SNPs和1个单倍型(GGCTT),均可作为尼罗罗非鱼分子育种的候选分子标记.