尼罗罗非鱼β2m基因SNP位点和单倍型与无乳链球菌抗性的关联分析

• 作者: 刘志刚 卢迈新 可小丽 张栋 曹建萌 王淼 高风英
• 来源期刊: 水生生物学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 尼罗罗非鱼 β2m SNPs 无乳链球菌 连锁不平衡 单倍型 标签SNPs
• 年，卷（期）: 2018,（5）
• 页码范围: 903-912
• 页数: 10页
• 分类号: Q173
• 字数: 5573字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7541/2018.111

摘要

β2-微球蛋白(β2-microglobulin,β2m)作为MHCⅠ类分子的亚基,在鱼类的免疫系统中发挥重要作用.实验采用直接测序法从P0代尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)的β2m基因组序列中筛选到30个SNPs,其中1个SNP位于5?UTR,16个SNPs位于外显子区域(15个非同义突变位点,1个同义突变位点),9个SNPs位于内含子区域,4个SNPs位于3?UTR.利用snapshot分型法对F1代的102尾易感群体和102尾抗病群体进行基因分型,并通过Popgen32和PIC-CALC软件统计分析尼罗罗非鱼β2m基因序列的SNPs的He、Ho、Ne和PIC等遗传参数,表明易感群体中7个SNPs属于中度多态水平(0.25<PIC<0.5),抗病群体中25个SNPs属于中度多态水平(0.25<PIC<0.5).采用SPSS 23.0软件分析了30个SNPs在F1代2个群体中的基因型频率和等位基因频率,分析其与链球菌抗性或易感性状之间的相关性.结果表明:24个SNPs的基因型和等位基因频率与无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)抗性/易感性状显著相关(P<0.05).通过连锁不平衡分析发现30个SNPs构成4个单倍块和14种单倍型.其中,4个单倍型与无乳链球菌抗性性状显著相关(P<0.05),4个单倍型与易感性状显著相关(P<0.05).标签SNP分析发现,单倍块2中的4个SNPs和单倍块3中的13个SNPs彼此之间高度连锁(r2>0.9),这意味着我们在β2m基因中发现2个htSNPs.研究筛选到的与链球菌抗性/易感性状相关的SNP位点及单倍型具有辅助尼罗罗非鱼抗链球菌病品种选育的潜力.