基于高通量测序的鄱阳湖浮游细菌多样性分析——以康山、梅溪、星子、南矶乡和吴城为例

• 作者: 吴兰 吴凌伟 张煜晗
• 来源期刊: 南昌大学学报（理科版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 高通量测序 水环境 鄱阳湖 生态环境
• 年，卷（期）: 2018,（2）
• 页码范围: 153-160
• 页数: 8页
• 分类号: Q938.8
• 字数: 5366字
• 语种: 中文

摘要

湖泊生态系统在区域和全球生物化学循环中起着至关重要的作用.细菌是生物地球化学循环的主要贡献者,参与淡水中大部分有机物质的分解,对维持生物多样性和湖泊生态系统的稳定性也十分重要.鄱阳湖是中国最大的淡水湖,为了解鄱阳湖浮游细菌群落的多样性,我们以2014年6至9月期间,在鄱阳湖周围5个地方:康山、梅溪、星子、南矶乡和吴城采集水样,提取了浮游细菌的DNA,采用16 S rRNA基因高通量测序的方法,然后使用Illumina MiSeq系统对其进行测序.以97％的一致性将序列聚类成为OTUs(Operational Taxonomic Units),总共分配得到22884OTUs.我们结合GreenGene数据库对OTUs进行物种注释,在门的水平上我们获得排名前10的菌门分别为变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、绿菌门(Chlorobi)、浮霉菌门(Planctomycetes)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、蓝细菌门(Cyanobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、蓝菌门(Thermi)、绿弯菌门(Chloroflexi).绿弯菌门和绿菌门一般存在于湖泊底泥的生境中,目前它们已经在湖泊细菌群落中占据一定的优势了.在相对丰度前10的菌门中存在三种光合自养菌门,分别是绿弯菌门,绿菌门和蓝菌门.同时我们对数据的进一步处理还获得相对丰度10前的菌属它们分别为浮霉菌属(Planctomycs)、黄杆菌属(Flavobacterium)、原绿球藻菌属(Prochlorococcus)、新鞘脂菌属(Novosphingobium)、Hydrocarboniphaga属、气氨微菌属(Aeromicrobium)、红长命菌属(Rubrivivax)、多核菌属(Polynucleobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、草酸杆菌属(Oxalobacter).意料之外的是原绿球藻菌属,它一般处于海洋生境中,在淡水湖泊中很少被发现.另外还注意到新鞘脂菌属和H ydrocarboni phaga属,也被发现在前10的菌属中,这表明鄱阳湖也许面临着烃类污染的威胁.这些结果对进一步了解鄱阳湖水生生态环境具有非常重要的意义.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	吴兰	南昌大学生命科学学院	39	380	11.0	18.0
2	吴凌伟	南昌大学中德联合研究院	13	59	5.0	6.0
3	张煜晗	南昌大学生命科学学院	1	2	1.0	1.0