乳腺癌预后的相关基因生物信息学分析

• 作者: 任晓虎 吴德生 吴雯 左然 李萍 袁建辉 让蔚清 谢妮
• 来源期刊: 癌变·畸变·突变
• 学科: 医学
• 关键词: has-miR-342-5p SFRP1 乳腺癌 预后
• 年，卷（期）: 2018,（2）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 103-108
• 页数: 6页
• 分类号: R730.1
• 字数: 4279字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1004-616x.2018.02.005

摘要

目的:通过对肿瘤基因组图谱计划(TCGA)基因表达谱和microRNA测序数据的生物信息学分析,寻找乳腺癌预后相关的关键分子事件.方法:收集并整理TCGA数据库中乳腺癌基因表达谱和microRNA测序数据,通过线性模型和经验贝叶斯方法结合传统t检验筛选乳腺癌中异常表达的基因和microRNA,利用R语言包microRNA-mRNA预测microRNA潜在靶向调控的基因.另外通过基因集富集算法(GAGE)分析预测microRNA及其潜在靶基因在乳腺癌中参与的异常信号调控通路;Cox回归风险模型探讨影响乳腺癌患者预后的关键分子事件.结果:共发现17 533个基因中有344个基因在乳腺癌中异常表达,同时鉴定了135个异常表达的microRNA;通过预测分析发现8个microRNA及31个潜在调控的靶基因参与了139条乳腺癌中异常变化的分子信号通路;Cox回归风险模型结果显示SFRP1表达升高提示预后良好(HR=0.9,P=0.015),has-miR-342-5p单独作用对乳腺癌预后无明显影响(HR=0.99,P=0.144),然而,交互作用研究显示,has-miR-342-5p抑制SFRP1表达时提示乳腺癌病人预后不良(HR=1.88,P=0.016).结论:通过对TCGA乳腺癌基因表达谱和microRNA测序数据深入挖掘发现了乳腺癌中表达异常的microRNA及其靶基因,进一步分析了它们所参与的关键信号通路,并揭示has-miR-342-5p抑制SFRP1表达的分子事件发生时,乳腺癌病人预后较差.