应用石斛EST序列对SNP位点开发与分析

• 作者: 宾振钧 於艳萍 檀业维 檀小辉 毛立彦 覃剑锋 覃茜 金刚 韦勇杰 龙凌云
• 来源期刊: 东北林业大学学报
• 关键词: 石斛 EST序列 SNP位点
• 年，卷（期）: 2018,（5）
• 页码范围: 74-80,85
• 页数: 8页
• 分类号: S682.31
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-5382.2018.05.015

摘要

利用生物信息学手段,从NCBI中dbEST数据库获取大量的石斛属(Dendrobium Sw.)EST序列,对SNP与EST的数量及拼接结果之间的关系、SNP碱基置换的偏好性进行了分析.采用DNASTAR软件中的Seq-Man程序对获取的16 183条石斛EST序列构建叠连群,得出2267个叠连群,长度计628 444 bp,发现342个叠连群共含有1 083个候选SNP位点.经统计分析SNP位点平均出现频率为0.17％,平均580.28个bp含有1个SNP位点,每个叠连群含有3.25个SNP位点.不同叠连群SNP位点个数差异较大,其中含SNP位点最多的叠连群共有22个SNP位点.突变中转换和颠换类型差异较大,数量分别为655和408,插入缺失为20个,分别占SNP位点总数的60.5％、37.7％、1.8％.通过对SNP位点所在核酸序列的同源比对分析发现共有1 021个SNP位点所在的核酸序列与同属植物铁皮石斛(D.candidum)的302个基因同源,且同源性基本都在89％以上.