二倍体和四倍体泥鳅全基因组DNA甲基化的比较

• 作者: 冯兵 周小云 张曼曼 王卫民 罗双双
• 来源期刊: 华中师范大学学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 泥鳅 二倍体 四倍体 DNA甲基化 MethylRAD-Seq
• 年，卷（期）: 2018,（5）
• 所属期刊栏目: 动物科学·动物医学
• 页码范围: 95-103
• 页数: 9页
• 分类号: Q959.46+8
• 字数: 6482字
• 语种: 中文

摘要

以二倍体和四倍体泥鳅为研究对象,采用甲基化修饰依赖性内切酶测序技术(MethylRAD-Seq)在全基因组水平上分析泥鳅的DNA甲基化特点及倍性间的DNA甲基化变异.测序结果共得到302111684条Methyl-RAD序列标签.与参考基因组比对结果显示,泥鳅的甲基化位点主要分布在基因体区(gene body),其次为内含子区(intron)和基因间区(intergenic),而在其他功能元件上的分布较少.四倍体泥鳅的整体甲基化水平比二倍体高,尤其是在第一外显子区(1stExon)和转录起始位点上游1500 bp至200 bp区(TSS1500),且倍性间差异极显著(P<0.01).但在启动子区,四倍体泥鳅的甲基化水平略低于二倍体.在二倍体和四倍体泥鳅间共筛选到1268个差异甲基化Cm CGG位点和14个差异甲基化Cm CWGG位点,这些位点主要分布于内含子、基因体和基因间区.比较各基因的甲基化水平,共得到684个倍性间差异甲基化基因.KEGG分析结果显示,倍性间差异甲基化基因主要富集到与生长发育、免疫及错配修复等相关通路上.