4种相关分析方法在菌群和代谢物相关研究中的初步比较

• 作者: 梁丹丹 游懿君 陈天璐
• 来源期刊: 转化医学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 相关分析 代谢组学 元基因组学 转化医学
• 年，卷（期）: 2018,（2）
• 所属期刊栏目: 技术与方法
• 页码范围: 93-96
• 页数: 4页
• 分类号: TP391.41|R574
• 字数: 3647字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-3097.2018.02.008

摘要

目的 组学数据信息多样且体量庞大,变量间关系错综复杂.相关分析有助于在海量数据间找到有效关联对,是转化医学和系统生物学研究中常用手段之一.元基因组学和代谢组学2大组学平台由于具备整体系统性分析的功能,广泛应用到了菌群和代谢物的相关研究中.元基因组学和代谢组学数据的来源、结构和特点各不相同,需科学选取相关分析方法进行高质量跨组学研究.方法 选取4种典型的相关分析方法(2种经典方法和2种元基因组数据专用方法),设计仿真数据集和实验数据集,对各方法的性能进行测试和比较.结果 仿真和真实数据结果显示,CCLasso的相关系数最小,误差百分比最大,所找到的相关对数目最少;SparCC的结果与CCLasso相反;Pearson与Spearman结果介于两者之间,较为中立.结论 对于元基因组学与代谢组学数据的相关分析,CCLasso方法较为严格,易得到假阴性结果;SparCC方法较为宽松,易得到假阳性结果;Pearson和Spearman结果介于两者之间.建议研究者结合研究目标和侧重点确定具体方法.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈天璐	上海交通大学附属第六人民医院转化医学中心	20	199	7.0	14.0
2	梁丹丹	上海交通大学附属第六人民医院转化医学中心	5	6	1.0	2.0
3	游懿君	上海交通大学附属第六人民医院转化医学中心	3	20	1.0	3.0