绿尾虹雉全基因组微卫星分布规律研究

• 作者: 岳碧松 崔凯
• 来源期刊: 四川动物
• 学科: 医学
• 关键词: 绿尾虹雉 基因组 微卫星
• 年，卷（期）: 2018,（5）
• 所属期刊栏目: 基础资料
• 页码范围: 533-540
• 页数: 8页
• 分类号: Q959.7|R857.3
• 字数: 4078字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11984/j.issn.1000-7083.20180096

摘要

分析了绿尾虹雉Lophophorus lhuysii全基因组中微卫星的数量和分布规律,并对外显子中含有微卫星的基因进行了注释分析.结果显示,在绿尾虹雉1.01Gb的全基因组中,1～6个碱基重复类型的完美型微卫星序列共292 430个,总长度5 465 549 bp,相对丰度为290.47个/Mb,占全基因组的0.54％,序列长度主要为10 ～43 bp.不同类型的微卫星中,单碱基重复类型数量最多,长度为3 535 260 bp,占71.75％,其次是四碱基(611 568 bp,9.99％)、二碱基(376 944 bp,7.07％)、三碱基(335 742 bp,6.38％)、五碱基(500 615 bp,3.93％)和六碱基(105 420 bp,0.88％)重复类型.在绿尾虹雉全基因组中,数目最多的10种优势微卫星分别是:A、C、AAAC、AT、AAAT、AC、AAT、AAC、AG、AAAAC,共计占90.20％,表现出明显A偏倚.分布于外显子的微卫星有2 816个,内含子的有101 791个,基因间区的有187 823个.外显子的微卫星分布于1 314个编码基因中.GO注释分析发现,这些编码基因主要与细胞组分有关,富集前10的条目主要与代谢、转录和合成过程有关.KEGG富集最显著的通路是黏着连接通路.位于外显子的微卫星移码突变可能会造成基因突变,进而可能会影响绿尾虹雉对环境信号的处理.本研究为绿尾虹雉的微卫星筛选和进一步的遗传多样性、功能研究提供了数据基础,从分子角度为绿尾虹雉的保护提供了基础信息.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	岳碧松	四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室	75	500	10.0	18.0
2	崔凯	四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室	4	4	1.0	2.0