同源DNA序列中间隔位点的核苷酸最近邻插补

• 作者: 刘雄恩 秦雪瑞
• 来源期刊: 《福建农林大学学报（自然科学版）》
• 关键词: 同源DNA序列 间隔 插入/缺失 缺失数据 进化距离 最近邻插补
• 年，卷（期）: 2018,（5）
• 所属期刊栏目: 计算机与信息
• 页码范围: 633-640
• 页数: 8页
• 分类号: O211.62|O241.6
• 语种: 中文
• DOI: 10.13323/j.cnki.j.fafu(nat.sci.).2018.05.017

摘要

针对分子系统发育重建时忽略同源DNA序列中的间隔位点导致进化信息丢失和序列间进化距离偏低估计的问题,基于最小进化原理并借鉴统计学中缺失数据处理的方法,提出核苷酸最近邻插补间隔位点,对插补后序列再运用4-状态DNA进化马尔可夫模型估算序列间进化距离的方法.对3组同源DNA序列在不同方法下进行距离估算的对照测试,结果表明:5-状态的F81+gap和F84+gap模型不能有效融合间隔所携带的indel信息,反而更加低估序列间距离;改进的同类模型F81+gap′则在一定程度上降低了距离的偏低估计,而核苷酸最近邻插补处理方法可以融合DNA突变中更多的indel信息.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘雄恩	福建农林大学计算机与信息学院	11	34	4.0	5.0
2	秦雪瑞	福建农林大学计算机与信息学院	1	1	1.0	1.0