鲤和草鱼IL17受体基因家族的全基因组识别、起源进化及表达分析

• 作者: 吕红皂 张江凡 李学军 李胜杰 聂国兴 董传举
• 来源期刊: 水产学报
• 学科: 农学
• 关键词: 鲤 草鱼 IL17受体 全基因组复制 基因分化
• 年，卷（期）: 2018,（11）
• 页码范围: 1693-1703
• 页数: 11页
• 分类号: Q785|S917.4
• 字数: 7019字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11964/jfc.20180311198

摘要

为了研究鲤科鱼类最具代表性的二个物种—鲤和草鱼IL17受体基因家族的起源进化,实验采用比较基因组学和生物信息学的方法,分别在鲤和草鱼基因组数据库进行序列比对和注释,然后对得到的基因进行结构域和系统发育学分析,最后在12个不同组织中进行基因表达分析研究.结果显示,在鲤和草鱼中分别注释得到9个和5个IL17受体基因家族成员.系统发育分析显示,该基因家族不存在鱼类特有的基因,在硬骨鱼类中具有一定的保守性.比较基因组学结果显示,与四足动物相比,大多数硬骨鱼类中IL17受体基因没有明显增多.鲤与草鱼等其他硬骨鱼类相比,除IL17RB以外,其余IL17受体基因家族成员均加倍.不同组织的表达分析结果显示全基因组复制后不同基因拷贝的功能发生了分化.研究表明,虽然硬骨鱼经历第三轮全基因组复制,但是由于复制发生时间久远,大多数基因已经发生改变或退化,进而在基因组中丢失.而鲤第四轮基因组复制时间发生在820万年前,复制发生时间较近,故复制后的基因基本得以保留.但是对于一些具有特殊功能的高度保守基因(例如IL17RB),也会发生在极短时间内出现丢失现象.鲤和草鱼健康组织的表达谱分析结果同样表明,鲤IL17受体基因的不同拷贝之间已经发生了快速进化及亚功能化,并且这种现象在鲤四倍体基因组中普遍存在.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李学军	河南师范大学水产学院	116	606	14.0	20.0
2	聂国兴	河南师范大学水产学院	165	1275	18.0	30.0
3	李胜杰	中国水产科学研究院珠江水产研究所	36	249	10.0	14.0
4	董传举	河南师范大学水产学院	17	13	2.0	3.0
6	吕红皂	河南师范大学水产学院	3	0	0.0	0.0
7	张江凡	河南师范大学水产学院	5	2	1.0	1.0