基于SNP标记的短须裂腹鱼自然群体遗传多样性分析

• 作者: 冷云 吴俊颉 周睿 张文魁 李光华 武祥伟 金方彭 高海涛
• 来源期刊: 水生生物学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 短须裂腹鱼 SNP标记 SLAF-seq 遗传多样性 自然群体
• 年，卷（期）: 2018,（2）
• 页码范围: 271-276
• 页数: 6页
• 分类号: Q145
• 字数: 3987字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7541/2018.034

摘要

研究应用SLAF-seq技术开发了短须裂腹鱼(Schizothoraxwangchiachii)的SNP标记,并使用开发的SNP标记分析了野生种群的遗传多样性.结果显示实验中RsaⅠ-HaeⅢ的酶切效率为86.93%,共得到80.08 M reads.通过生物信息学分析, 共获得709758个SLAF标签, 其中多态性的SLAF标签共有243304个, 共得到777082个群体SNP, 测序平均Q30为94.79%, 平均GC含量为40.16%, 测得观测等位基因数为2.005, 期望等位基因数为1.5272, 观测杂合度为0.2007, 期望杂合度为0.3160, 平均遗传距离为0.1523, 遗传多样性指数为0.3386,香浓指数为0.4827,多态性信息含量(PIC)为0.2562,次要基因型频率(MAF)为0.2313,结果表明目前金沙江阿海至龙开口段短须裂腹鱼野生种群遗传多样性处于中等水平, 这和人为干扰有关.近年来短须裂腹鱼数量逐年减少, 研究短须裂腹鱼的遗传多样性对保护其种质资源起着重要的作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	冷云		23	64	5.0	6.0
2	张文魁		11	37	3.0	5.0
3	李光华		34	77	5.0	6.0
4	武祥伟		14	25	3.0	4.0
5	金方彭		13	20	2.0	3.0
6	周睿		16	26	3.0	4.0
7	高海涛		11	19	3.0	4.0
8	吴俊颉		4	7	2.0	2.0