大黄鱼高温适应的转录组学分析

• 作者: 刘贤德 李佳凯 李庆昌 肖世俊 邓素贞 陈小明 韩兆方
• 来源期刊: 水产学报
• 学科: 农学
• 关键词: 大黄鱼 转录组测序 差异表达基因 qRT-PCR
• 年，卷（期）: 2018,（11）
• 页码范围: 1673-1683
• 页数: 11页
• 分类号: Q785|S965
• 字数: 5605字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11964/jfc.20171111029

摘要

为了探究大黄鱼高温胁迫条件下基因表达水平的变化,实验利用Illumina Hiseq 2500的125 pair-ended测序模式分别对大黄鱼高温处理组和常温对照组进行了转录组测序.对照组(3个生物学重复)和高温处理组(3个生物学重复)分别获得15.28和13.92 Gb测序数据,GC含量平均值约为51％.过滤后的高质量测序reads使用Bowtie2软件比对到大黄鱼参考转录组序列上估计基因表达量,进而进行基因表达差异统计学检验.以常温对照组为参比,高温处理组中阈值设为|log2(FC)|>2和FDR<0.05,共检测到1259条显著差异表达基因.其中,821条基因为高表达,438条基因为低表达.随机选取12条差异表达基因,运用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)进行了验证,结果证实转录组分析可靠.进一步将所有差异表达的基因进行GO功能注释和KEGG通路富集分析,结果发现大量差异表达基因的功能与氧化还原反应、蛋白质折叠和去折叠、糖和脂代谢以及某些疾病的发生相关.该研究结果为下一步深入研究大黄鱼高温适应的调控机制提供了重要的参考材料.