基于流式细胞术和K-mer分析的好好芭基因组大小估测

• 作者: 周佳熠 周宜君 孙会改 张根发 马丹丹 马鹏举 高飞
• 来源期刊: 北京师范大学学报（自然科学版）
• 学科: 农学
• 关键词: 好好芭 流式细胞术 K-mer分析 基因组大小
• 年，卷（期）: 2018,（6）
• 页码范围: 733-737
• 页数: 5页
• 分类号: S666.7|R331
• 语种: 中文
• DOI: 10.16360/j.cnki.jbnuns.2018.06.007

摘要

好好芭是一种重要的特种油料植物,具有极高的经济价值.由于好好芭基因组数据缺乏,导致其分子生物学研究进展相对缓慢.本研究以黄瓜和大豆作为内标,用流式细胞仪测定经碘化丙啶(PI)染色的内标细胞核和好好芭细胞核混合样品的PI荧光强度,通过比较好好芭与内标细胞DNA含量峰值的倍数关系,计算好好芭的基因组大小.同时使用基于生物信息学的K-met分析来估测好好芭的基因组大小.采用流式细胞术测得好好芭基因组大小约为774 Mb.K-mar分析表明,当K值分别为17、19、21时,相应的DNA峰值出现在128、125和123,因此估测jojoba基因组大小为777～794 Mb.K-mer分布曲线有明显的杂合峰,说明jojoba基因组杂合度较高.本研究完成了对好好芭基因组大小的估测,可为好好芭基因组学研究提供参考.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	周宜君	中央民族大学生命与环境科学学院	126	1498	20.0	33.0
2	高飞	中央民族大学生命与环境科学学院	42	203	8.0	12.0
3	马鹏举	中央民族大学生命与环境科学学院	2	1	1.0	1.0
7	周佳熠	中央民族大学生命与环境科学学院	5	5	1.0	2.0
8	孙会改	中央民族大学生命与环境科学学院	6	7	2.0	2.0
9	马丹丹	中央民族大学生命与环境科学学院	7	6	2.0	2.0