PCR-DGGE指纹图谱技术分析发病龙须菜附生菌菌群组成

• 作者: 刘晓娟 杜虹 林琪 裴鹏兵 邓绍鸿 钟名其 陈洋
• 来源期刊: 中国水产科学
• 学科: 农学
• 关键词: 龙须菜 白化病 附生菌菌群 变性梯度凝胶电泳 优势菌
• 年，卷（期）: 2018,（5）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 1040-1050
• 页数: 11页
• 分类号: S917|Q935
• 字数: 7552字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1118.2018.17429

摘要

本研究以07-2品系龙须菜(Gracilaria lemaneiformis)为实验材料,提取自然条件下代表不同病变程度的健康、病间、白化藻体的附生菌DNA,经PCR扩增16S rDNA基因的V3可变区并进行变性梯度凝胶电泳(DGGE),分离V3片段,再对目的条带进行克隆鉴定.实验结果经数据化后计算龙须菜附生菌数目并比较附生菌菌群多样性,通过非度量多维尺度分析(nMDS)及多元梯度分析(RDA)来比较附生菌菌群组成相似性及优势菌群.实验结果表明,随着龙须菜病变程度的加深,附生菌菌落数及菌群多样性逐渐增加(P<0.05).nMDS分析结果表明,健康藻体与白化藻体在附生菌菌群组成上存在差异,病间藻体在附生菌菌群组成上与健康藻体更为接近.RDA分析结果表明,龙须菜健康藻体附生菌可能的优势菌群是海洋单胞菌属(Marinomonas),病间藻体附生菌可能的优势菌群是单胞菌属(Alteromonas)、红杆菌科(Rhodobacteraceae)、假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas),白化藻体附生菌可能的优势菌未能鉴定到,而白化残留藻体附生菌鉴定到的优势菌有Maribacter、红杆菌科、玫瑰变色菌属(Roseovarius).从上述结果可以看出,龙须菜健康藻体与发病藻体在附生菌菌群组成及优势菌上存在较大差异,而介于两者之间的藻体在菌群组成上更偏向于健康藻体.