二代测序技术在一起食源性疾病事件病原鉴定中的初步应用

• 作者: 俞骅 刘涛 张蔚 楼秀芹 汪皓秋 沈利明 潘劲草 郑伟 黄利明 黄春萍
• 来源期刊: 中华预防医学杂志
• 关键词: 病原 基因组学 序列分析 蜡样芽胞杆菌 二代测序
• 年，卷（期）: 2018,（6）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 647-652
• 页数: 6页
• 字数: 4223字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.issn.0253-9624.2018.06.015

摘要

目的 分析一起食源性疾病事件中病原的基因组学特征.方法 选取事件中死亡病例血样和洗胃前胃内容物,以及其就餐食物作为样品,共11份,对金黄色葡萄球菌和蜡样芽胞杆菌以及有毒物质进行检测,并对食物中检测到的细菌进行计数.采用实时荧光PCR方法检测分离得到的10株蜡样芽胞杆菌的16 S rDNA保守区基因和呕吐毒素ces基因,并采用二代测序技术对分离株进行了基因组测序,初步分析质粒携带情况,并与公共数据库中参考序列进行比较基因组学分析.结果 所有样品中,仅蜡样芽胞杆菌检测阳性,其中蛋炒饭中蜡样芽胞杆菌计数为1.9×107 CFU/g,干炸鱼和卤猪头肉中均为3.0×103 CFU/g.10株分离株均携带hlyⅢ、nheA、nheB、inlA、inhA毒力基因;携带plcR和nheC基因的菌株均为9株.分离株16 S rDNA保守区基因和ces基因均为阳性,而且均携带完整的ces基因簇序列,并且与分离自英国的AH187株携带的呕吐毒素质粒pCER270(NC_010924.1)和分离自日本的NC7401株携带的质粒pNCcld(NC_016792.1)的序列完全一致.质粒比对结果显示,分离株序列与炭疽杆菌的pXO1和pXO2质粒差异较大,但携带含ces基因的pNCCld质粒.10株分离株基因组系统发生树显示,10株蜡样芽胞杆菌高度相似(系统发生树上距离为2.0×10-6～9.0×10-6)且与AH187株和NC7401株均高度相似(均属ST26型,系统发生树上距离均为3.8×10-5～4.5×10-5).结论 本次食源性疾病事件由不携带pXO1、pXO2质粒的呕吐型蜡样芽胞杆菌污染蛋炒饭引起.提示蜡样芽胞杆菌引起呕吐型食物中毒可能与携带ces基因的ST26、ST164等型别菌株相关.