金针菇rDNA序列结构特征分析

• 作者: 刘媛媛 徐伟南 江玉姬 谢宝贵 谢路昱 黄蓉梅
• 来源期刊: 菌物学报
• 关键词: 三代测序 完整的rDNA 转录组 基因间隔区 金针菇
• 年，卷（期）: 2018,（12）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 1620-1627
• 页数: 8页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13346/j.mycosystema.180199

摘要

rDNA序列中的ITS作为DNA barcoding广泛应用于真菌的系统发育与物种辅助鉴定,IGS被认为可以用于种内水平不同菌株的鉴别.食用菌中还没有完整的rDNA序列的报道.本研究采用二代和三代测序技术分别对金针菇单核菌株“6-3”进行测序,用二代测序的数据对三代测序组装得到的基因组序列进行修正,得到一个在基因完整性、连续性和准确性均较好的基因组序列,对比Fibroporia vaillantii rDNA序列,获得金针菇完整的rDNA序列.金针菇rDNA序列结构分析表明,它有8个rDNA转录单元,长度均为5 903bp,有9个基因间隔区,其长度有较大差异,3909-4566bp.rDNA转录单元中,各元件的序列长度分别为:18S rDNA 1796bp、ITS1 234bp、5.8S rDNA 173bp、ITS2 291bp、28S rDNA 3 410bp.基因间间隔区中,IGS1 1 351-1 399bp、5S rDNA 124bp、IGS2 2 435-3 092bp.金针菇的5S、5.8S、18S、28S rDNA序列准确性得到转录组数据的验证,也得到系统发育分析结果的支持.多序列比对发现,不同拷贝的基因间间隔区序列(IGS1和IGS2)存在丰富的多态性,多态性来源于SNP、InDel和TRS(串联重复序列),而TRS来源于重复单元的类型和数量.9个基因间间隔区之间,IGS1只有少量的SNP和InDel,IGS2不仅有SNP和InDel,还有TRS.本研究结果提示,在应用IGS进行种内水平不同菌株之间的鉴别时,需要选取不同拷贝之间的保守IGS序列.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	谢宝贵	福建农林大学菌物研究中心	186	1536	20.0	28.0
2	江玉姬	福建农林大学菌物研究中心	68	515	13.0	20.0
3	刘媛媛	福建农林大学菌物研究中心	8	17	3.0	4.0
4	徐伟南	福建农林大学园艺学院	5	9	2.0	3.0
8	谢路昱	新加坡国立大学计算机学院	3	8	2.0	2.0
9	黄蓉梅	福建农林大学菌物研究中心	6	11	2.0	3.0