极化蛋白专一性电荷在HIV-1蛋白酶-抑制剂结合自由能预测中的应用

• 作者: 冯国强 李宇辰 段莉莉
• 来源期刊: 计算物理
• 学科: 物理学
• 关键词: HIV-1蛋白酶 极化蛋白专一性电荷 结合自由能
• 年，卷（期）: 2018,（3）
• 页码范围: 330-334
• 页数: 5页
• 分类号: O56
• 字数: 2538字
• 语种: 中文
• DOI: 10.19596/j.cnki.1001-246x.7752

摘要

对人类免疫缺陷病毒(HIV-1)蛋白酶-抑制剂复合物分别在AMBER力场及极化专一性蛋白电荷(PPC)下进行10 ns的分子动力学模拟(MD),并用MM/PBSA方法计算结合自由能.PPC是基于线性标度的量子力学计算的静电势拟合的蛋白质电荷,能够更准确地描述蛋白质所处的静电环境.结果表明:PPC电荷计算的结合自由能比AMBER力场计算的结合自由能更接近实验值.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	段莉莉		10	10	2.0	2.0
2	李宇辰		1	2	1.0	1.0
3	冯国强		1	2	1.0	1.0