雪菜BjSnRK2C基因的克隆及生物信息学分析

• 作者: 刘鹏 包乌日娜 向殿军 张春兰 李旭新 满丽莉
• 来源期刊: 华北农学报
• 学科: 农学
• 关键词: 雪菜 BjSnRK2C基因 克隆 生物信息学
• 年，卷（期）: 2018,（6）
• 页码范围: 24-32
• 页数: 9页
• 分类号: S649
• 字数: 6848字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7668/hbnxb.2018.06.004

摘要

SnRK2家族基因编码植物体内一类丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,是ABA通路中影响植物抗逆能力的关键调控基因.基于SnRK2成员cDNA的保守区序列信息,利用RT-PCR与SON-PCR相结合的方法从雪菜中克隆了一个SnRK2全长cDNA序列,命名为BjSnRK2C.测序结果显示,该cDNA序列全长1380 bp,包含一个137 bp的3′-非翻译区,一个214 bp的5′-非翻译区,一个1029 bp的完整开放阅读框,编码342个氨基酸,在GenBank数据库的登录号为MF983711.BjSnRK2C蛋白激酶理论分子量为38.2 ku,理论等电点为5.61,属于亲水性蛋白,存在2个显著跨膜结构域,含有30处磷酸化位点,没有信号肽,最可能定位的位置是在细胞质上.BjSnRK2C蛋白激酶的二级结构具有130个 α-螺旋、126个无规则卷曲、59个延伸链和27个 β-转角.BjSnRK2C蛋白包含1个丝氨酸/苏氨酸酶活性结构域和1个ATP结合位点,同拟南芥AtSnRK2.8蛋白激酶亲缘关系最近,处在同一进化分枝.雪菜BjSnRK2C蛋白激酶的三级结构与拟南芥AtSnRK2.8蛋白激酶极为相似,推测它们具有类似的功能.BjSnRK2C蛋白激酶的C末端仅含有结构域Ⅰ,缺少结构域Ⅱ,暗示雪菜BjSnRK2C基因在参与非生物胁迫过程中很可能也是不依赖ABA调控通路的.研究结果可为今后深入研究BjSnRK2C功能奠定理论基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李旭新	内蒙古民族大学农学院	22	43	4.0	4.0
2	刘鹏	内蒙古民族大学农学院	50	219	9.0	13.0
3	向殿军	内蒙古民族大学农学院	26	16	2.0	3.0
4	满丽莉	内蒙古民族大学生命科学学院	20	10	1.0	2.0
5	张春兰	内蒙古民族大学生命科学学院	20	27	3.0	4.0
6	包乌日娜	内蒙古民族大学农学院	5	5	1.0	2.0