桂花LTR类反转录转座子RT序列的克隆及分析

• 作者: 文晓鹏 李慧平 王庆竹 范付华
• 来源期刊: 园艺学报
• 学科: 农学
• 关键词: 桂花 反转录转座子 Ty1-copia Ty3-gypsy 反转录酶 异质性
• 年，卷（期）: 2018,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 309-320
• 页数: 12页
• 分类号: S685.13
• 语种: 中文
• DOI: 10.16420/j.issn.0513-353x.2017-0310

摘要

克隆获得桂花Ty1-copia和Ty3-gypsy类反转录转座子反转录酶(reverse transcriptase,RT)序列,并对其序列变化特点进行分析,以期为桂花基因组进化和多样性研究提供依据.根据Ty 1-copia和Ty3-gypsy类反转录转座子RT保守区设计简并引物,以桂花叶片基因组DNA为模板,通过PCR扩增,分别得到260和430 bp左右的目标条带,经回收、克隆、测序及相关生物信息学软件进行序列分析后,获得49条Ty 1-copia类反转录转座子RT序列和20条Ty3-gypsy类反转录转座子RT序列.通过核苷酸聚类,Ty 1-copia类反转录转座子RT序列分为4类.这些序列长度为255～271 bp,序列相似性为32.0% ～96.9%.翻译成氨基酸后,有2条序列出现移码突变,16条序列出现终止密码子突变.Ty 3-gypsy类反转录转座子RT序列也分为4类.序列长度为408 ～449 bp,相似性为54.7% ～ 98.8%.有8条序列发生移码突变,10条序列发生终止密码子突变.经反转录转座子RT氨基酸序列比对,桂花与梅花、李、枣等可能有共同的起源.桂花Ty 1-copia和Ty3-gypsy类反转录转座子RT序列具有高度异质性;系统进化树分析表明,桂花与不同物种间可能存在反转录转座子的横向传递.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	文晓鹏	贵州大学贵州省农业生物工程重点实验室	65	806	14.0	25.0
2	范付华	贵州大学林学院	12	100	5.0	10.0
6	王庆竹	贵州大学林学院	2	4	1.0	2.0
10	李慧平	贵州大学贵州省农业生物工程重点实验室	2	4	1.0	2.0