牦牛SCD基因的克隆和生物信息学分析

• 作者: 丁学智 付东海 包鹏甲 吴晓云 梁春年 王宏博 裴杰 褚敏 郭宪 阎萍
• 来源期刊: 中国草食动物科学
• 学科: 农学
• 关键词: 牦牛 不饱和脂肪酸合成酶 基因克隆 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2018,（3）
• 所属期刊栏目: 遗传育种与繁殖
• 页码范围: 1-6
• 页数: 6页
• 分类号: S823.2
• 字数: 3877字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-3887.2018.03.001

摘要

为研究牦牛硬脂酰辅酶 A去饱和酶(SCD)基因的生物学功能,以正在培育的无角牦牛新品种为研究材料,设计引物对其SCD基因的CDS区进行基因克隆,并利用EMBOSS等程序进行生物信息学分析.结果表明:无角牦牛SCD基因CDS区长度为1080bp,蛋白编码359个氨基酸残基;相比普通牛,无角牦牛新品种SCD基因的扩增片段共检测出7个碱基差异,分别为1次A颠换为C、2次C颠换为A、1次A转换G、2次C转换T、1次T颠换为A;对氨基酸序列比对发现,仅第1、第6、第7处的差异使得对应的氨基酸发生变化;牦牛SCD基因编码蛋白的分子式为C1922H2912N506O514S11,分子量约41.7 kD,理论等电点(pI)为9.23,消光系数83895,不稳定系数44.41,疏水指数86.96,平均亲水性-0.235,属不稳定可溶性碱性蛋白质,在哺乳动物网织红细胞内的半衰期30h;牦牛SCD基因编码蛋白的二级结构由α螺旋、β折叠、延伸链以及随机卷曲结构构成;该蛋白也具有低复杂结构以及跨膜结构.