基于高通量测序的虾夷扇贝基因组微卫星特征分析

• 作者: 倪守胜 庄志猛 杨钰 柳淑芳
• 来源期刊: 渔业科学进展
• 学科: 农学
• 关键词: 虾夷扇贝 二代测序 基因组 微卫星
• 年，卷（期）: 2018,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 107-113
• 页数: 7页
• 分类号: S917
• 字数: 4776字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11758/yykxjz.20161209001

摘要

为全面了解虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)微卫星分布频率和数量,深化对虾夷扇贝基因组的认识,本研究运用第二代高通量测序技术,进行虾夷扇贝简化基因组测序(RAD-seq),从基因组水平阐明虾夷扇贝基因组微卫星特征.结果显示,简化基因组测序共获得序列总长为92,551,435 bp,经过滤筛选,获得259,535个contig,其中,包含微卫星序列3618条,经引物设计共获得3460对微卫星引物.统计微卫星序列的重复类型,其中,三核苷酸重复单元数量最多(1587个,45.87%),其次是二核苷酸重复(1282个,37.05%),六核苷酸重复单元数量最少(20个,0.58%).在三核苷酸重复中,以ATA重复类型所占比例最高(11.41%),共计181个.此外,虾夷扇贝同一重复类型的微卫星随着重复数增加其数量相对减少,而相同重复数的微卫星随着重复单元长度的增加其数量也呈下降趋势,可见微卫星长度与其数量呈负相关,表明长度较短的微卫星变异速率较快.本研究结果为认识虾夷扇贝基因组特征和在基因组水平开展种群遗传学研究提供了基础数据.