食蟹猴全基因组微卫星分布特征分析

• 作者: 刘俊 涂飞云 韩卫杰 黄挺 黄晓凤
• 来源期刊: 野生动物学报
• 关键词: 食蟹猴 微卫星分布 基因组
• 年，卷（期）: 2018,（2）
• 所属期刊栏目: 研究简报
• 页码范围: 400-404
• 页数: 5页
• 分类号: Q953
• 语种: 中文

摘要

微卫星广泛存在于真核生物和原核生物基因组中,是较为理想的分子标记.食蟹猴是生物医学研究领域中重要的灵长类动物模型,而食蟹猴基因组微卫星研究有助于筛选和开发更多的微卫星标记.利用生物信息学软件对食蟹猴全基因组微卫星进行了搜索,共搜索到微卫星总数为1284929个,微卫星序列长度为26044651 bp,占全基因组的0.890％.整个基因组微卫星平均丰度是451.3个/Mb,平均密度9118.7 bp/Mb.不同重复类型微卫星表现为单碱基(56.74％)＞四碱基(16.72％)＞二碱基(16.67％)＞三碱基(5.96％)＞五碱基(3.35％)＞六碱基(0.56％).不同染色体上微卫星数量上,以1号最多,其次是3号,最少的是18号.染色体上微卫星丰度、密度与染色体GC含量呈显著线性正相关(P＜0.01),而与微卫星GC含量呈显著线性负相关(P＜0.01).食蟹猴基因组微卫星数量排名前5位的拷贝类别依次是A、AC、AAAT、AG、AT,数量优势单碱基、二碱基、三碱基、四碱基、五碱基和六碱基分别是A、AC、AAT、AAAT、AAACA和AAACAA.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	黄晓凤		67	294	9.0	15.0
2	韩卫杰		30	44	3.0	4.0
3	涂飞云		27	37	3.0	4.0
4	黄挺	四川大学生命科学学院四川省濒危野生动物保护生物学重点实验室	5	11	2.0	3.0
5	刘俊		8	12	2.0	2.0