小麦SBP基因家族生物信息学分析

• 作者: 刘玉平 吕亮杰 孙丽静 李辉 胡梦芸 陈希勇 马乐
• 来源期刊: 华北农学报
• 学科: 农学
• 关键词: 小麦 SBP 生物信息学 进化树 表达谱
• 年，卷（期）: 2018,（6）
• 页码范围: 8-16
• 页数: 9页
• 分类号: Q78|S512.03
• 字数: 5214字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7668/hbnxb.2018.06.002

摘要

SBP基因家族是植物所特有的一类重要转录因子,含79个氨基酸残基保守结构域,主要参与植物生长发育、生理生化过程.为进一步探讨小麦SBP基因家族的基因功能,通过比对小麦最新基因组数据,结合公布的Chinese Spring的基因组数据,采用生物信息学方法对其基因结构、染色体分布、蛋白保守结构域、系统进化树及表达谱进行分析.结果获得了50个SBP基因,命名为TaSBPs,根据染色体编号排列为TaSBP1～TaSBP50.结果表明,50个小麦TaSBP基因分布于除4B、4D染色体外的其余19条染色体上,编码192～1104个氨基酸,基因外显子数量2～11个变化不等;串联重复和片段复制是小麦SBP家族基因扩张的主要模式;7种作物SBP基因的系统进化树可分为4个类别,同一类之间的结构较为相似;小麦50个TaSBP基因家族含有10个motif,推测小麦TaSBP基因家族应都含有motif1、motif2、motif4.50个TaSBP基因都在13个组织器官中检测到转录本,不同组织器官中TaSBP基因的表达存在明显的差异.