宏蛋白质组学信息分析的基本策略及其挑战

• 作者: 何燕斌 刘斯奇 徐洪凯 杨焕明 闫克强 闻博
• 来源期刊: 生物化学与生物物理进展
• 关键词: 宏蛋白质组学 数据库 数据分析 蛋白归并 物种分析
• 年，卷（期）: 2018,（1）
• 所属期刊栏目: 综述与专论
• 页码范围: 23-35
• 页数: 13页
• 语种: 中文
• DOI: 10.16476/j.pibb.2017.0187

摘要

宏蛋白质组学是一门新型科学,它运用质谱技术规模化地采集自然界微生物种群的蛋白质信息,并结合多种组学数据,开展微生物种群的遗传特征及其生物功能的研究.宏蛋白质组学的信息分析与传统蛋白质组学方法有较大的不同,亟需拓展新的分析思路.由于宏蛋白质组的研究对象是复杂度极高的微生物样品,因此,需要构建尽可能囊括样本中所含微生物的基因组信息的物种数据库.面对庞大的数据库,必须考虑到分析过程中所消耗的计算资源和鉴定结果的质控标准,因此,需要高度优化库容量、搜库、假阳性控制等参数.鉴于宏蛋白质组数据中广泛存在复杂的同源蛋白质序列,因此,需要充分利用NCBI数据库中的分类信息进行匹配,并运用LCA算法过滤处理才能将蛋白质有效地归组到物种.本文立足于宏蛋白质组学信息分析,从宏蛋白质组的数据库建立、蛋白质归并、生物学意义发掘等几个方面着手,对该领域的发展现状、面临挑战以及未来研究方向进行了评述.