椭圆叶花锚简化基因组的SSR信息分析及SSR引物开发

• 作者: 宋相杰 张发起 朱明星 王久利 邢睿 陈世龙
• 来源期刊: 植物研究
• 学科: 生物学
• 关键词: 椭圆叶花锚 RAD-seq SSR分子标记 简化基因组测序
• 年，卷（期）: 2018,（2）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 292-297
• 页数: 6页
• 分类号: Q949.776.4
• 字数: 3977字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7525/j.issn.1673-5102.2018.02.018

摘要

基于RAD-seq简化基因组测序技术获得椭圆叶花锚(Halenia ellipiticaD.Don)简化基因组水平上的序列信息并开发SSR分子标记.利用SR search软件检测而得到双端各有至少100 bp的五种类型的SSR(二、三、四、五、六核苷酸)位点共6 201个,并成功设计其中3 865个SSR引物.在能成功设计引物的SSR位点中,三核苷酸SSR位点最多;重复序列长度包括17种(12～ 36 bp);重复序列的基序共达316种,其中五核苷酸基序种类最多(91种).从中挑选65对可对应五种SSR类型的引物,经梯度PCR检验后,利用椭圆叶花锚的4个居群32个个对可扩增的引物进行PCR和聚丙烯酰氨凝胶电泳检测,其中14对引物能在绝大多数个体中扩增,且13对具多态性.13个多态性位点的等位基因数量均值为5.462,多态性较高且不连锁(P＜0.05);其中10个位点在多数居群中偏离哈迪温伯格平衡(P＜0.01)且存在较高的纯合子数量(观测杂合度H.均值0.226);近交系数在-0.443～1,均值为0.656;基因流Nm为0.474.